Pengawasan Internal dalam hal ini adalah pengawasan yang dilakukan oleh pimpinan dilingkungan Pengadilan Agama Kisaran yang dalam pelaksanaannya dikordinir oleh Wakil Ketua yang terdiri atas Pengawasan Melekat dan Pengawasan Fungsional.
A. PENGAWASAN MELEKAT
Pengawasan Melekat adalah serangkaian kegiatan yang bersifat sebagai pengendalian yang terus menerus, dilakukan oleh atasan langsung terhadap bawahannya secara preventif dan represif, agar pelaksanaan tugas bawahan tersebut berjalan secara efektif dan efisien sesuai dengan rencana kegiatan dan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
B. PENGAWASAN FUNGSIONAL
Pengawasan Fungsional adalah pengawasan yang dilakukan oleh aparat pengawasan yang khusus ditunjuk untuk melaksanakan tugas tersebut dalam satuan kerja tersendiri yang diperuntukkan untuk itu. Di lingkungan lembaga peradilan, pengawasan fungsional ini dilaksanakan oleh Badan Pengawasan Mahkamah Agung Republik Indonesia.
Pengawasan dimaksudkan untuk memperoleh infomasi apakah penyelenggaraan tehnis peradilan, pengelolaan administrasi peradilan, dan pelaksanaan tugas umum peradilan telah dilaksanakan sesuai dengan rencana dan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Pengawasan juga dimaksudkan untuk memperoleh umpan balik bagi kebijaksanaan, perencanaan dan pelaksanaan tugas-tugas peradilan, mencegah terjadinya penyimpangan administrasi dan ketidakefisienan penyelenggaraan peradilan serta menilai kinerja.